La verdad es que a la 1200 nunca le llegue a poner CD, creo que lo intente hace como 15 años, no anduvo y ni me moleste en insistir con eso.
En la 4000T que es donde primero use un CD, y en la 4000 que uso ahora, siempre conecte la unidad de CD a la Buddha/Catweasel, asi que mi experiencia no sirve porque con esa controladora anda todo.
La CF donde la particionaste, en la 4000?
Hay un tema con las CF, que pueden arrancar en dos modos distintos, como disco fijo o como unidad removible, algo similar a lo que pasa con los dispositivos IDE comunes o los removibles que son ATAPI y requieren un driver especial. Tambien pasa con las tarjetas si se particionan con un adaptador a IDE o SATA, o si se particionan en un lector USB, que las particiona como unidad removible.
Para la Buddha habia un firmware que tuve que aplicar, que solucionaba este tema obligando a las CF a arrancar en modo disco fijo siempre. Tambien lei en su momento que habia un firmware que servia solo para las Sandisk, para dejarles fijo el arranque como disco para no tener ese tipo de problemas.
Esto no aporta una solucion pero por ahi te da una idea de que este pasando, no se si en tu caso el conectar una unidad de CD modifica en algo el comportamiento de la tarjeta CF. Tene en cuenta que el adaptador se hace cargo de todas esas cosas, algunos no permiten compartir el IDE con otro dispositivo, otras permiten seleccionar maestro o esclavo por medio de jumpers (algunas traen los jumpers y en otras hay que hacer algun puente en la placa), tambien si es un adaptador activo puede ser que haga arrancar la CF como disco fijo, pero la mayoria son pasivos y funcionan solo como adaptador del conector, en ese caso depende de la tarjeta el comportamiento que tenga. Yo use adaptadores a SDHC y funcionan bien, ahi como el adaptador tiene que ser inteligente porque la comunicacion es en serie, ya resuelve mejor todo este tema del arranque y de compartir el bus con otro dispositivo.

Yo lo hice con mi A1200, no es tan dificil y lo hice con el IDE interno precisamente con el idefix.

Ponia un adaptador 2,5 a 3,5 y de ahi un cable plano de 40 pines hasta afuera de la A1200 salia el cable por la ranura de la compactflash y afuera tenia una cajita tipo case pero con un HD de 4 Gb y un cdrom, HD primario y cd secundario. Habia que montar el CD, pero el HD lo tomaba automático con el HDPREP viejisimo programa de particionamiento de HDs