Y ahora a renegar con las disketeras...una 1541 que da error not found file y se queda parpadeando laluz roja y una 1571 que queda con la luz verde y roja prendidas pero que no hace nada cuando pido directorio por ejemplo...ambasa estan desalineadas??? Saludos...

La 1541 puede ser que este sucia o desalineada (suponiendo que el disco con el que estas probando este bien).
La 1571 tiene algún chip quemado; hay varios que pueden ser, desde unas compuertas hasta el controlador o el micro.
Lo mas común es que se queme uno de los que manejan el puerto serie, por lo que tendrias que probar cambiando U15 primero (es un 74LS14)