No necesitas la rom 3.1, y creo que el limite es 4GB por disco, no por particion, si hiciste dos particiones de 4GB, cuando escribas en la segunda te va a escribir en los primeros 4GB, es decir en la primera.
No hace falta que formatees de nuevo, podes agregar particiones extra con un sistema de archivos que soporte discos grandes, como SFS, si mal no recuerdo esta version sirve:
LINKCreo que en el modo compatible podes usar discos de hasta 128GB, tiene otro modo que permite discos mas grandes pero me parece que no se puede usar para arrancar desde ahi.
En tu caso como tenes el sistema instalado dentro de los primeros 4GB no vas a tener problemas, lo que no vas a poder hacer es arrancar un sistema despues de los primeros 4GB, es decir si se te ocurre hacer particiones despues de los 4GB que tengan por ejemplo OS3.9, OS3.1 o algun otro 3.0 alternativo con programas diferentes, no vas a poder arrancar desde esos, pero desde el primer sistema vas a ver las otras particiones sin problemas.